Se passando no mesmo universo da série Yakuza, a história acompanha a história do advogado Takayuki Yagami, o qual conseguiu obter a absolvição de uma acusação de assassinato de seu cliente Shinpei Okubo em um sistema de justiça japonês, onde quase 99% dos casos terminam em alguma forma de condenação. No entanto, a carreira de Yagami desmorona quando Okubo é preso por esfaquear sua namorada e colocar fogo em seu apartamento logo após ser absolvido.
O jogo traz um gameplay similar ao visto em Yakuza, com combates frenéticos contra diversos inimigos no meio da cidade. Judgment também traz mecânicas de investigação, dando uma maior variedade para o título.