A edição 2004 de Madden NFL possui diversas mudanças em relação aos jogos anteriores como uma nova maneira de controlar o jogador, fazer ajustes na rota do recebimento dos passes, direcionar rotas durante o scramble, direcionar o bloqueio durante a corrida e reagir de maneira imediata aos passes do time adversário. O jogo inclui a licença de todos os 32 times , incluindo técnico e jogadores. Novas animações foram implementadas para melhorar o visual do jogo.