O Apocalipse finalmente aconteceu e o mundo acabou, apenas você e algumas pessoas restaram. O que sobrou do mundo agora é habitado por temíveis demônios. Você deve guiar um jovem garoto que descobriu ter ganhado poderes demoníacos. Vários demônios poderosos dominaram partes de Tóquio, cada um com sua própria ideologia, cabe agora a você decidir com qual irá se unir.
Shin Megami Tensei: Nocturne conta com um combate em turno onde usar os ataques dos elementos certos definem a vitória ou a derrota. O sistema de negociação é também de extrema importância, com o qual você terá que convencer os demônios encontrados no campo de batalhar a se unirem a sua equipe.
