No ano de 2631, um pequeno meteorito caiu no arquipélago Galuga, localizada 20 km à nordeste da costa da Nova Zelândia. Dois anos mais tarde, um grupo terrorista alienígena conhecido como Red Falcon ocupou a ilha, em preparação para uma invasão alienígena. A Marinha enviou dois membros de sua unidade de elite chamada Contra, Bill Rizer e Lance Bean para neutralizar os terroristas.
O jogador deve chegar ao final de cada etapa, atirando em tudo à vista e esquivando do fogo inimigo, para matar o grande chefe.
