Vyse e Aika são dois jovens que fazem parte dos Blue Rogues, um grupo de piratas do bem que luta contra o corrupto Império de Valuan. O governante da nação procura os seis Cristais Lunares para poder ativar seis poderosos colossos que o ajudarão a controlar o mundo. Agora esses dois jovens terão que correr para impedir que o Império controle tudo.
Com uma temática voltada em torno de piratas aéreos, o grupo conta com um navio voador. Além dos tradicionais combates em turno, em Skies of Arcadia você também terá que realizar combate com os navios contra piratas inimigos e até mesmo criaturas gigantes.
