Para comemorar a derrota de K. Rool no jogo anterior, Donkey e Diddy saem numa viagem de pescaria, mas demoram muito a voltar. Logo então, os Kongs descobrem que uma figura misteriosa de nome KAOS (que é na verdade um robô secretamente controlado por K. Rool, conhecido por Barão K. Roolenstein neste jogo) sequestrou os dois. Então Dixie (mais tarde seguida pelo seu primo Kiddy) ruma para o Kremisfério Norte para resgatá-los.
