Começando após o final do Killzone original, e revisitando alguns dos muitos eventos da trilogia, o jogo coloca os jogadores na pele de um mercenário chamado Arran Danner, um ex-soldado UCA que não tem receios em aceitar contratos pagos da ISA, bem como dos Helghast.
Durante uma missão aparentemente comum para retirar o Embaixador de Vektan e sua família de Pyrrhus vai mal, Danner descobre que o desfecho da guerra pode depender do destino do filho do Embaixador. Com ambos os lados em desespero para pegar o garoto, ele começa a questionar se o preço da vitória realmente vale o pagamento.
