Cronologicamente, Drakengard 3 se passa antes dos primeiros games da franquia, e coloca o jogador “em um mundo de fantasia medieval que é regido por seis deusas irmãs, que mantém a harmonia graças às suas canções”.
Porém, de repente Zero, a mais velha destas deusas, enlouquece e mata todas as suas irmãs com a ajuda de seu dragão, Mikhail. Isso acaba com a paz no mundo, obrigando a protagonista a deixar as canções de lado e botar as coisas nos eixos.