Clonk 3: Radikal trouxe grandes mudanças ao jogo, os Clonks podem agora nadar e mergulhar, escavar em direções diferentes e construir pontes. Uma variedade de novos edifícios, armas, materiais, veículos e condições climáticas foram adicionados podendo ajudar ou prejudicar o andamento do jogo. O jogo também inclui um editor de missões, com o qual os jogadores podem criar seus próprios cenários, criando uma paisagem e definindo todos os aspectos, incluindo o tempo e os objetivos.