Dr. Light é sequestrado, e tudo indica ter sido Proto Man, já que seu lenço foi deixado na cena do crime. Com a ajuda de Beat, um pássaro-robô criado por Dr. Cossack, Mega Man derrota os novos 8 Robot Masters: Wave Man, Star Man, Gravity Man, Gyro Man, Crystal Man, Napalm Man, Stone Man e Charge Man. de Proto Man e se encontra com o próprio, que está sem o lenço. Durante a luta, um Protoman com lenço aparece e ajuda Mega Man. Esse era o verdadeiro Proto Man. O outro era Dark Man, criado por Wily para se passar por Proto e sequestrar Light. Mega Man destrói Dark Man e Wily, salvando Light. Mas com o teto desabando – sim, de novo - Wily foge. Com a ajuda de Proto Man, Mega Man e Light conseguem fugir.