Com a suposta morte de Wily, a cidade estava em paz. É quando 8 novos Robot Masters: Dive Man, Drill Man, Toad Man, Bright Man, Pharaoh Man, Ring Man, Dust Man e Skull Man, desta vez construídos por Dr. Cossack, começam um ataque à cidade. Após proteger a cidade, Mega Man vai atrás de Cossack mas é impedido por Proto Man e Kalinka, filha do Dr. Cossack. A explicação era a seguinte: Wily havia sequestrado Kalinka e obrigou Cossack a atacar a cidade. Após saber da traição de Proto Man, Wily foge mas é derrotado por Mega Man, mais uma vez. Com a explosão do castelo, ele foge novamente.
