Quem jogou System Shock 2 deve se lembrar que o jogo apresentava um sistema de classes, apresentando três escolhas, entre elas Navy, O.S.A. Agent e Marine. Bem, parece que esse sistema será descartado em System Shock 3.
Conversando com o site GameStop, o desenvolvedor Warren Spector afirmou que o sistema de classes não estará presente a fim de dar uma maior liberdade ao jogador.
No entanto, o jogo ainda contará com sistemas similares a usados em Deus Ex e outros jogos, como modificações corporais. Você terá dezenas de modificações a seu dispor, embora só poderá ter instalado um pequeno número delas. A sua escolha de modificações irá se adequar ao seu estilo de jogo. Nesse jogo, o desenvolvimento do seu personagem ocorrerá através do inventário.