Além de uma nova abertura animada e diálogos dublados, o título também terá uma performance muito superior no 3DS do que no PlayStation e no Saturn. Loadings mais rápidos, taxa de quadros por segundo melhorada e efeitos de batalha mais curtos serão alguns dos motivos disso.
No 3DS, Soul Hackers também terá mais opções (como diferentes níveis de dificuldade e auto-mapeamento), além de monstros inéditos e o Nemecchi, uma criatura que evolui de acordo com as interações por StreetPass feitas pelo seu dono. Por fim, o cartucho incluirá o primeiro trailer de Shin Megami Tensei IV.
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