Secret Bases eram lugares em Pokémon Ruby/Sapphire/Emerald, os quais podiam ser customizados. Ao conectar o seu jogo com o de outro jogador, outras bases apareceriam no seu mundo e você podia batalhar com um NPC em cada uma delas, o qual representava o dono da respectiva base.
Essa funcionalidade retornará em Pokémon Omega Ruby/Alpha Sapphire na forma das Super-Bases e, assim como as originais, esses lugares serão customizáveis. Decorações podem ser usadas para pregar peças em visitantes, decidir que tipo de pokémon pode entrar e definir as regras das batalhas dentro da base.
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