A história inicialmente se passa no mundo de Sylvarant, em uma vila chamada Iselia. O mundo sofre de um grande colapso com o uso excessivo de mana pelo Desians, que é a fonte de energia no mundo. Seguindo as palavras da deusa Martel no momento de sua morte, os anjos escolhem “The Chosen One”, Collete Brunel, uma moradora da vila, a escolhida para salvar o mundo da destruição. Então estará nas mãos da escolhida E de seus companheiros completar “The Journey of World Regeneration” (A Jornada de Regeneração do Mundo), e tentar impedir a destruição do mundo.
