Mike Hayes da Sega excluiu por completo a produção de uma sequela para Alpha Protocol.

Em entrevista ao CVG, Hayes foi bem claro em relação às vendas do jogo.

“Vamos falar muito comercialmente. O jogo não vendeu tão bem quanto a editora esperava. Por isso não vamos fazer uma sequela” disse Hayes.

Uma das razões dadas por Hayes para as poucas vendas foi a pontuação do jogo no Metacritic. Foi dito que para ter sucesso é preciso uma pontuação média de 80, e com os RPG é preciso um pouco mais do que isso.