Junte-se a Samus Aran em sua primeira nova história de Metroid 2D em 19 anos. A história de Samus continua após os eventos do jogo Metroid Fusion, quando ela vai até o planeta ZDR para investigar uma misteriosa transmissão enviada pela Federação Galáctica. O planeta remoto foi invadido por ferozes formas de vida alienígenas e assustadoras ameaças mecânicas. Samus está mais ágil e capaz do que nunca, mas ela pode superar a ameaça desumana que espreita as profundezas do planeta ZDR?