O jogo centra-se em Komaru Naegi, a irmã mais nova da protagonista do primeiro jogo, Makoto Naegi, que se encontra em uma cidade em ruínas governada pelo maligno Monokuma.
O jogo centra-se em Komaru Naegi, a irmã mais nova da protagonista do primeiro jogo, Makoto Naegi, que se encontra em uma cidade em ruínas governada pelo maligno Monokuma.
