Disgaea 3 conta as aventuras de Mao, o aluno mais honrado da Academia do Mal, uma escola onde os demônios mais preguiçosos e mais rudes recebem as notas mais altas.
O filho do presidente da escola, Mao, nunca compareceu à aula, nem sequer abriu um livro. Ele almeja derrubar o pai e assumir o título de Overlord. Junte-se a ele em sua aventura maluca, repleta de eventos e batalhas emocionantes.