Tales of Xillia leva os jogadores para a grande aventura de Jude Mathis, um estudante de medicina que frequenta a escola na capital, e Milla Maxwell, uma mulher misteriosa acompanhada por quatro seres invisíveis. Os caminhos dos dois heróis se entrelaçam e eles devem unir forças para trazer de volta a paz em uma perigosa jornada que irá testar a sua coragem e a sua convicção.