O mundo inteiro foi inundado e o que restaram foram apenas ilhas espalhadas pelo mapa. Para se aventurar por esse mundo, você terá que usar o seu fiel companheiro barco para viajar de ilha em ilha, além de uma flauta que pode controlar os ventos, para conseguir resgatar sua irmã sequestrada.
Wind Waker foi o primeiro jogo a usar um visual cel-shading e a demonstrar os efeitos que Ocarina of Time teve sobre a linha do tempo.
