Magrunner acontece em 2050, onde você, um explorador espacial chamado Dax, começar um treinamento destinado a ensiná-lo a usar a luva Magtech. Essa luva o permite usar poderes magnéticos para carregar vários itens do cenário e resolver enigmas.
No entanto, você vai logo perceber que o centro de treinamento esconde um segredo obscuro… a instalação de alta tecnologia que abriga o programa de treinamento o leva para im universo paralelo estranho e perigoso: o mundo do Mythos de Cthulhu, uma terra estranha cheia de criaturas insanas imaginadas por H.P. Lovecraft.
