A história do jogo e anime conta a vida do garoto Keita que, em uma floresta mística, conhece um monstrinho chamado Whisper. Esta criatura o presenteia com o Youkai Watch, um relógio de pulso que possibilita a criança a interagir com os youkais – monstros sobrenaturais do folclore japonês, presentes, por exemplo, em Yu Yu Hakusho (embora de forma muito menos violenta aqui, claro). Whisper se torna seu parceiro e o garoto passa a enfrentar outros youkais que estão causando problemas na cidade. Além disso, conforme Keita faz amizade com outros youkais do bem, eles o entregam medalhas. Estas medalhas, quando inseridas no relógio, permitem que o Keita invoque os monstrinhos para lutar ao seu lado.
