Com o tempo, Wily até se junta a Light para formar um projeto de paz. Porém, mais uma vez o trai, roubando os projetos e atacando com mais 8 Robot Masters: Top Man, Snake Man, Gemini Man, Needle Man, Shadow Man, Hard Man, Magnet Man e Spark Man. Dessa vez, com a ajuda do cão-robô Rush, Mega Man derrota Wily, e o castelo explode, dando como certa a morte do vilão. Após ser ajudado a fugir por um Robotic misterioso, Mega Man descobre que ele é o antigo protótipo do qual ele mesmo tinha sido feito, e que agora se chamava Proto Man.
