Após os acontecimentos de Final Fantasy XIII, Lightning foi dada como morta, mas Serah sempre acreditou que ela teria sobrevivido. Ela não poderia estar mais certa: Lightning se tornou protetora da deusa Etro, em Valhalla, e agora viaja no tempo lutando sua própria batalha contra um vilão que pretende destruir tudo em todos os tempos e realidades.
A aventura começa com Serah e Noel saindo de um Time Gate – ele é um jovem viajante do tempo que veio de 700 anos no futuro, sendo ele o último humano sobrevivente do seu tempo.
