Assim como em Shattered Dimensions, você controlará mais de um Homem-Aranha, mas ao invés dos quatro do título anterior, que dividiam-se em dimensões diferentes, agora você joga apenas com o Homem-Aranha comum e com o Homem-Aranha 2099, do futuro, e a história tem como tema principal esse jogo com o tempo.
A história, escrita pelo veterano da Marvel, Peter David, conta como o Homem-Aranha de alguma forma acabou morto e agora o jogador controla tempo e espaço para mudar esses eventos. A principal novidade é o sistema de “causa e efeito” onde as ações de um Homem-Aranha influenciam a linha do tempo do outro.
