Um menino da cidade de Kyaro é adotado e criado por um artista marcial juntamente com sua irmã Nanami, quando jovem serve ao exército de Highland, juntamente com o seu melhor amigo Jowy.
O acampamento em que eles estavam é atacado durante a noite, os dois amigos escapam e pulam de um alto penhasco em um rio. Qual será o destino dos jovens heróis? O que eles vão conseguir em suas vidas? Será que eles vão lutar juntos ou seus seus caminhos serão diferentes a partir de agora?
Como seu antecessor, Suikoden II é um RPG ao estilo japonês com uma história que se centra na amizade, guerra e traição. Como no jogo anterior, o objetivo é construir um exército e participar de uma guerra, defendendo a vida dos inocentes, mas a maior parte do jogo é centrada na exploração como num RPG tradicional e no crescimento do personagem.
