Dawn of Mana concentrando-se nas origens da árvore de Mana e na espada de Mana em um estilo de jogo que dá seqüência ao esquema de ação e aventura já bastante conhecido na série.
Porém, desta vez, o mundo é tridimensional com muitos cenários para explorar e com uma extensa variedade de objetos para interagir. O mundo também abriga muitos inimigos, não totalmente deformados, mas com cabeças grandes e pés na proporção de tamanho dos seus corpos.
O jogo conta a história de Eldy, um jovem adotado pelo “povo da árvore” que moram numa ilha que abriga a mística árvore que é a fonte da vida neste mundo. Mas Mana está perdendo sua força e lentamente se transformando em pedra. O destino do jovem é buscar a espada de Mana e salvar a planeta da destruição. Eldy será acompanhado por Ridzia, a sacerdotisa da vila.