Clash of Ninja Revolution 3 reconta a trama do primeiro arco de histórias da fase Shippuden, no qual você deve resgatar Gaara das mãos da famigerada Akatsuki. A fim de contar em mais detalhes a trama, o jogo ainda inclui animações inéditas e um novo modo história. Entre os novos personagens, aparece a mestre dos títeres Chiyo. Como a personagem manípula marionetes, as suas únicas habilidades ofensivas vem exatamente dos seus bonecos.
