Colocando novamente o jogador no papel do agente Sam Fisher, Tom Clancy’s Splinter Cell Chaos Theory conta com um tom muito mais sombrio que seus antecessores. Sam é dessa vez enviado ao Peru para localizar um programa de computador que foi roubado por um grupo separatista.
Chaos Theory trouxe diversas melhorias para a série, refinando ainda mais as mecânicas de furtividade e adicionado um combate a curta distância. O jogo também conta com modos multiplayer competitivo e cooperativo.