Após os eventos do jogo anterior, Prince e Kaileena retornam à Babilônia. Quando o barco de Prince vai se aproximando do porto da cidade, ele remove o medalhão de sua armadura e o joga no mar. Ao chegar à Babilônia, ele fica horrorizado ao encontrá-la em chamas e devastada pela guerra. O seu barco é atacado e ele e Kaileena são jogados no mar, com Kaileena sendo capturada depois do naufrágio. Após percorrer a cidade atrás de Kaileena, Prince descobre que, como resultado de seus esforços na Island of Time para prevenir que as Sands of Time (em português, “Areias do Tempo”) fossem criadas, os eventos de The Sands of Time nunca chegaram a acontecer e, assim, Vizier nunca foi assassinado. Vizier mostra que possui a Dagger of Time (em português, “Adaga do Tempo”) e também o bastão mágico. Ele estava à procura das Sands of Time e capturou a Imperatriz do Tempo para adquiri-las.
Quando Prince é visto, ele é interceptado por dois subordinados de Vizier, sendo imobilizado por um chicote laminado que é então enrolado em volta de seu braço, perfurando-o. Vizier então mata Kaileena e liberta as Sands of Time, que colidem em todos que estão por perto. Logo em seguida, ele apunhala a si mesmo com a Dagger of Time, tornando-se um ser imortal: Zurvan, o Deus do Tempo. As Sands of Time também alcançam Prince, infectando a sua ferida aberta e fundindo o chicote com o seu braço. Então, ele consegue se libertar e escapar, adquirindo a Dagger of Time no processo.
