Etrian Odyssey Untold é um jogo dividido em duas partes: a primeira parte é uma história de aventura em primeira pessoa voltada para o mundo do Etria. O modo Story dá aos jogadores cinco personagens, cada um com suas próprias personalidades e maneiras para explorar um lado de Etria não visto no primeiro jogo.
Para os veteranos da série, o modo Classic oferece a jogabilidade tradicional de Etrian Odyssey, atualizado com as últimas comodidades encontradas em Etrian Odyssey IV, incluindo gráficos 3D.