Não há uma história definida em Disney Infinity 2.0: Marvel Super Heroes, que funciona como uma grande caixa de brinquedos. A premissa é que o jogador utilize seus bonecos e brinque à vontade nos cenários disponíveis.
Para ajudar, há pequenas campanhas, com missões diversas, que podem ser realizadas por seus heróis, mas a graça mesmo está em montar cenários e se divertir de forma livre.