O jogador escolhe um dos 4 membros do “Team Commando”: Captain Commando, Ginzu (Shô), Jennet ou Hoover. Os Commandos devem combater um exército de super criminosos geneticamente modificados, atravessando diversos lugares como um banco, um museu e um aquário, entre outros lugares. Sua aventura os levará a uma jornada interplanetária em Callisto, onde o diabolico engenheiro genético “Schumocide” (conhecido na versão japonesa como “Genocide”) os espera.
