Tal como nos outros jogos da serie Anno(Nos EUA se chama Dawn of Discovery), o jogador começa como líder de um país desarmado que precisa ser colonizado e expandido no mundo do jogo. Enquanto o jogador expande no território, os rivais controlados pelo computador também estão se expandindo e reforçando os seus países. Conforme o jogador progride através do jogo, eles tem acesso para apresentar as atividades e as tropas que permitem invadir e derrotar outros jogadores. Anno 1404 apresenta uma interface atualizada, maiores ilhas e mundos para explorar, um modo sandbox, e outros recursos novos na série Anno.
