A Nintendo pediu desculpas por censurar a versão japonesa de Tokyo Mirage Sessions Encore e por não informar melhor aos seus clientes sobre as mudanças pelas quais este port de Nintendo Switch passaria. Embora muitos fãs esperavam ansiosamente pelo Tokyo Mirage Sessions Encore, alguns deles expressaram decepção depois de descobrir que receberiam uma versão diferente.
A Nintendo realizou um pedido de desculpas pelo lançamento mais recente do jogo. Aparentemente, é porque o port de Nintendo Switch é baseada na versão ocidental de Wii U, a qual teve alguns dos conteúdos mais ousados censurados.
Aqui está uma parte do pedido de desculpas da Nintendo:
No entanto, apesar disso, na divulgação de Genei Ibun Roku #FE Encore, não informamos desde o início que este título seria baseado em Tokyo Mirage Sessions #FE. E também na página oficial, publicamos por engano imagens da versão para Wii U de Genei Ibun Roku #FE que não seriam incluídas neste título, portanto a situação causou um mal-entendido para nossos clientes sobre o conteúdo deste título.
O pedido de desculpas prossegue afirmando que a Nintendo substituiu as imagens na página da loja do jogo em 10 de outubro de 2019, e afirmou em qual versão de Tokyo Mirage Sessions essa nova versão seria baseada no dia 17. No entanto, a Nintendo reconhece que não forneceu aos clientes informações suficientes desde o início. Consequentemente, qualquer pessoa que tenha comprado o jogo, poderá pedir um reembolso.