A pacata e colorida Prism Island foi vítima de um ataque brutal que secou a fonte de suas cores, fazendo com que um clima sombrio e tempestuoso atingisse em cheio a população local de Toads. Depois de receber um alarmante pedido de ajuda, Paper Mario e a Princesa Peach seguem para a ilha dispostos a encontrar uma solução para este acrômico problema, dando início a uma incrível, surpreendente e bem-humorada aventura para resgatar as Big Paint Stars e também para descobrir quem causou toda esta confusão.
E em Paper Mario: Color Splash, game que será lançado exclusivamente para Wii U no dia 7 de outubro, você pode ajudar Paper Mario a restaurar as cores de Prism Island usando seu Paint Hammer ("Martelo de Tinta") e uma imensa coleção de Battle Cards ("Cartas de Batalha") capazes de causar sérios (e algumas vezes hilários) danos nos inimigos que surgem pelo caminho.