Além da história principal, Genei Ibun Roku #FE possui side-stories para apresentar mais sobre os objetivos e os sonhos dos demais personagens do jogo. Elas funcionam como pequenas histórias a parte que não se relacionam diretamente com a história principal, e mostram como Itsuke (o protagonista) ajudará seus amigos em shows, peças e apresentações enquanto eles ganham mais reputação em suas respectivas áreas.
O sistema funciona basicamente como os relacionamentos de Persona. Ao finalizar uma side-story, Itsuke ficará mais próximo do personagem, e isto aumentará seu nível como Mirage Master, ganhando novas habilidades de combate.
Lembrando que Genei Ibun Roku #FE será lançado no dia 26 de dezembro, enquanto a versão ocidental chegará apenas em 2016.