A Nintendo está trabalhando em uma atualização para corrigir o bug que corrompe saves e impede o usuário de jogar online, que aparentemente pode afetar o 3DS também.
Até que o problema esteja resolvido, a Nintendo recomenda evitar os modos Classic, All-Star, Stadium, Trophy Rush, e Smash Run, caso você tenha baixado o DLC do Mewtwo.