Em entrevista à revista Nintendo Dream, o diretor Masahiro Sakurai falou sobre a decisão de desenvolver Super Smash Bros. for Wii U/3DS na Bandai Namco.
Sakurai disse que concluiu que uma só desenvolvedora fazer as duas versões era o ideal e, como a Bandai Namco tem a capacidade de criar "um jogo de luta de larga escala, havia apenas essa companhia". O diretor acredita que seria difícil uma tarefa difícil para outras desenvolvedoras tentarem.
Em outro trecho da entrevista, Sakurai falou que no início do desenvolvimento analisou a possibilidade de colocar personagens de jogos ainda não lançados. Todos os personagens haviam sido decididos na época da proposta do projeto (maio de 2012), porém, conforme a produção continuava, o time decidia quais personagens cortar de acordo com a prioridade. Bowser Jr. quase foi cortado no meio do desenvolvimento.