É comum que os remakes de jogos da Nintendo incluam versões remasterizadas da trilha sonora original do game, mas parece que isto não acontecerá com Majora's Mask 3D. De acordo com Koji Kondo, as músicas originais do jogo serão mantidas, ganhando apenas uma leve adaptação para ser reroduzida melhor no portátil.
"Atualmente, com Majora, nós pensamos que seria muito importante preservar o sentimento do jogo porque a música estava ligada muito bem ao gameplay original. Nós fizemos pequenos ajustes para melhorar a qualidade do audio, mas a música em si não foi alterada."
"Nós fizemos um rebalanço, para fazer a música ser reproduzida melhor no 3DS. Antes, você escutava a música reproduzida dos speakers de sua TV, e nós apenas precisamos rebalancear a música agora que está no portátil."