A Nintendo, em preparação para o lançamento dos Amiibos, lançou a atualização 5.3.0 para o Wii U como forma para dar compatibilidade para eles, visando ainda melhorar a estabilidade do sistema e outros ajustes para melhorar a experiência do utilizador.
No entanto vários utilizadores reportaram nos fóruns da Nintendo imensos problemas que tiveram com a Wii U após instalarem a atualização.
Os problemas reportados são tempos de carregamento mais elevados, o não funcionamento da conectividade WiFi e crashes.
Foi ainda revelado que os jogadores que entraram em contato com o suporte ao cliente, foram informados que teriam que enviar os seus consoles Wii U para reparação e que esse processo podia demorar cerca de quatro semanas.