De acordo com algumas imagens que saíram do jogo The Legend of Zelda: Majora's Mask 3D, parece que o jogo não tem mais contagem de tempo. Foram feitas algumas imagens comparando o remake do jogo para o 3DS com a versão original para o Nintendo 64, onde vemos que na cidade Clock Town não há mais contagem de tempo.
As imagens também dão a entender que agora as partes da cidade estão conectadas de uma forma diferente, para proporcionar uma melhor experiência para o jogador.
Anteriormente, já havia sido confirmado que Majora's Mask 3D terá gráficos melhorados e também alguns recursos adicionais para melhorar a jogabilidade. O jogo está programado para chegar às lojas durante o Outono de 2015.