Uma das maiores novidades de Pokémon X/Y foi a possibilidade de customizar o seu personagem. Era possível cortar e tingir o cabelo, comprar novas roupas e acessórios. Essa funcionalidade, porém, não retornará em Omega Ruby/Alpha Sapphire. Em entrevista ao site USGamer, o diretor e compositor Junichi Masuda explica:
"Em relação à customização do(a) treinador(a), aquilo era algo especial para a região de Kalos, que era inspirada na França e tinha como temas beleza e moda, e é esse o motivo pelo qual essa funcionalidade era tão ressaltada no jogo. Nesse jogo [Omega Ruby/Alpha Sapphire], estamos nos focando nos elementos de aventura, então não temos customização do(a) treinador(a), mas você vai ver certos itens representados visualmente, por exemplo, quando você estiver embaixo d'água, você terá esse equipamento na sua boca que te permite respirar. Entã ohá coisas legais para o seu treinador mudar de roupas e colocar acessórios durante o jogo.
Sobre os encontros aleatórios com pokémon em lugares como cavernas e grama alta, Masuda disse:
Paralelamente, em entrevista ao site NTower, foi revelado que o desenvolvimento de Omega Ruby/Alpha Sapphire começou exatamente no dia 21 de novembro de 2012. Além disso, foi dito que Pokémon X/Y será compatível com OmegaRuby/Alpha Sapphire, porém o jogo não receberá atualizações para as novas mega evoluções, e que descobrir a origem das mega evoluções será uma grande parte da história.