Em Metal Gear Solid: Peace Walker cada jogador havia sua Mother Base, a qual era seu dever expandí-la para assim poder recrutar mais soldados para a sua tropa, desenvolver novos equipamentos e conseguir mais suprimentos.
A Mother Base retornará em The Phantom Pain mas de uma forma um tanto diferente, desta vez você poderá explorá-la, customizá-la de várias maneiras e o mais importante, colocar equipamentos de segurança e soldados em guarda.
O motivo disso é que outros jogadores poderão invadir a sua base a fim de roubar seus pertences ou simplesmente fazer uma enorme bagunça. Mas fique calmo, se não gostar da ideia você poderá desligar a função nas opções.