As Secret Base (bases secretas) retornarão em Pokémon Omega Ruby/Alpha Sapphire. Elas foram introduzidas em Pokémon Ruby/Sapphire e estão voltando em seu remake.
Você pode colocar labirintos, decorações, e armadilhas para os visitantes de sua Secret Base e em adição disso, você pode editar as regras de uma batalha e desafiar os membros daquela Secret Base, a tornando base em uma ginásio Pokémon! A personagem do jogo Aarune e seu Flygon irá o ajudar a construir sua Secret Base.
Se você encontrar o dono de uma Secret Base, você pode leva-lo como um Secret Pals (amigo secreto) a sua própria Secret Base. Se tornando o Secret Pals de alguém, ele poderá usar algumas "habilidades especiais" para ajuda-lo em sua aventura. Você pode compartilhar sua Secret Base usando um QR Code.
O sistema de capturar a bandeira voltou. O objetivo é capturar a bandeira de uma Secret Base e leva-la a sua. Você pode pegar uma bandeira por dia. Capturando muitas bandeiras, o rank de seu time sobe e você consegue algumas recompensas, incluindo aumentar as habilidades de seus Secret Pals. A cor da bandeira muda de acordo com o seu rank.
Pokémon Omega Ruby/Alpha Sapphire será lançado em 21 de Novembro para 3DS.