Originalmente, alguns eventos na história de Metal Gear Solid V:Ground Zeros se apresentariam de forma bastante diferente. Em uma versão anterior, o corpo já sem vida de Paz estaria deitado em uma jaula, ao lado de Chico, forçando-o a vê-lo gradualmente se decompor. Kojima disse isso em uma entrevista ao site de jogos japonês 4Gamer.
O diretor japonês disse várias vezes que ele almeja uma história trágica e sombria para MGS:The Phanton Pam, e ele não está evitando momentos chocantes ou temas tabu.