Jools Watsham, o co-fundador do estúdio, falando com o Siliconera, disse que olhou para Super Metroid pela fluidez e level design. Metroid Prime: Hunters também ajudou a inspirar o método de controle em Moon.
"Minha inspiração para a jogabilidade de Moon Chronicles, especificamente em relação à fluidez do jogo e o level design tem mais a ver com Super Metroid que os jogos FPS da série. Entretanto, o método de controle com a stylus foi absolutamente inspirado por Metroid Prime Hunters do DS."
"Um dos principais aspectos de Metroid que foram incorporados em Moon Chronicles são as 'portas' ou bloqueadores de progressão que devem ser visitados novamente assim que a solução é adquirida. Em Super Metroid isso era usualmente conseguido coletando um novo power-up, enquanto que em Moon Chronicles ele é largamente direcionado pela história ou involve coletar um item especial para ganhar acesso até a nova área e prosseguir no jogo."
"Outro elemento chave que eu amo na série Metroid é o senso de ter muitas coisas secretas espalhadas por todo lugar, o que requer do jogador uma exploração além do caminho principal do jogo, e que melhoram os atributos do jogador de alguma forma."