De acordo com o FAQ do Nintendo Network ID que está presente no site da Nintendo da Europa, parece que não será possível trocar a região do seu 3DS após se registrar no serviço.
Uma das perguntas, presentes no FAQ é a seguinte:
Eu usei o Nintendo eShop, em diferentes regiões, e eu tenho vários tipos de moedas diferentes. O que vai acontecer com esses recursos depois que eu me registrar no Nintendo Network ID?
E a resposta, é a seguinte:
"Depois de se registrar no Nintendo Network ID, você não será capaz de mudar sua região e utilizar várias moedas diferentes - por exemplo, libras e euros - no Nintendo eShop. Os fundos das moeda que correspondem à definição do Nintendo Network ID do seu país vão permanecer, mais qualquer outro fundo em outras moedas vão ser apagados e vão ficar inutilizáveis. Então, certifique-se de usar as outras moedas antes de se registrar no Nintendo Network ID."
Lembrando claro, que isso está presente no FAQ sobre o Nintendo Network ID da Europa, então, não se sabe se isso é válido para a América, mas é bem provável que sim.