Segundo o site VG24/7, a trama de Assassin's Creed 3 tem as batalhas navais como um dos componentes principais da jogatina. Alex Hutchinson da Ubisoft afirmou em entrevista ao site que as batalhas não são apenas uma diversão a parte no game, mas que as conquistas de Connor em alto mar estão entre as principais preocupações da equipe.
Para Hutchinson, a navegação é um dos componentes históricos mais relevantes para a trama, já que "é a forma como chegaram na América". Segundo ele, ninguém jamais havia pensado em um bom game de ação em terceira pessoa com barcos a vela. A proposta em Assassin's Creed 3 é a de controlar a navegação e comandar o combate simultaneamente.